「华大基因java」华大基因java开发

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本文目录一览：

• 1、怎样区别拨和拔?
• 2、细菌基因组拼接工具比较（二）
• 3、肾阵痛是什么原因

怎样区别拨和拔?

一、意思不同

“拨”意思是：本意是指用手指或棍棒等推动或挑动，引申义是治理。

“拔”意思是：指拉出、发放、除去、出众的、量词，引申义是动摇、改变。

二、用法不同

1、拨：通常主要用于表示挑动或发放，也可用作量词。

例句：本公司打算拨一笔基金给孤儿院。

2、拔：通常既可用于表示拉出、抽出的动作，也可用于表示动摇、改变。

例句：他不断自我超越，希望成为出类拔萃的豪杰之士。

扩展资料

“拨”的相关组词：拨弄、挑拨、拨款

1、拨弄

拼音：bō nòng

意思是：用手脚或棍棒等来回地拨动。

例句：她拨弄着被风吹散的头发。

2、挑拨

拼音：tiǎo bō

意思是：指拨物使动，挑动。

例句：这种挑拨是非的人，最是可恶！

3、拨款

拼音：bō kuǎn

指政府或上级拨给款项。

例句：台风横扫肆虐后，政府拨款赈灾。

细菌基因组拼接工具比较（二）

     FastQC 是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，并生成网页版的报告。

    每个原始数据文件会生成两个文件，一个为 html网页文件 ，一个为 .zip*文 。打开 .html 可以查看序列的测序质量情况，分为三个等级：合格项为绿色√，警告是黄色的！，不合格为红色的×。（绿色越多越好）

     Cutadapt 是一款用python写的去接头软件，可以去除任意指定的接头和序列，同时也可以用于质量过滤。（实际上原始数据过滤会过滤两种序列：去接头引物、低质量序列）

    给定一组输入，KmerGenie首先计算多个K值的k-mer丰度直方图。然后，对每个K值，它预测数据集中不同基因组k-mer的数量，并返回这个数字最大化的k-mer长度。

    输出文件中主要看 *report.html 网页文件，会推算出最合适的kmer值与基因组大小。在这里，我的基因组得出的kmer=111。

     Velvet ，基于kmer的序列拼接工具，用于基因组的de novo组装，支持多种格式，局部拼接效果好，不善于连接成scaffold。

分为两步执行：

步骤一：利用velveth对数据构建一个hash表

步骤二：velvetg进行序列拼接

     SPAdes 是常用的序列拼接软件之一，支持illumina、PacBio、Nanopore、Sanger、Ion Torrent等测序数据的拼接，同样适合用于混合组装来改善拼接效果（尤其适用于Ion Torrent数据的拼接）

     SOAPdenovo 是华大基因开发的SOAP软件包的一部分，主要用于短序列reads拼接，尤其是illumina测序数据。从小的细菌基因组到大的动植物基因组，人基因组都适用。特点是使用起来比较简单，但是却拥有很好的拼接效果，尤其在基因组构建Scaffold方面，效果很好。

配置文件 config_file 的设置

     ABySS 用于从头拼接双端测序短序列或较大基因组序列。

综合contigs数量、总长度、N50 来看，velvet拼接contig效果最好

    除了Velvet软件之外，其他三款软件在拼接contigs的同时也可以拼接成scaffolds。同样综合scaffolds数量、总长度、N50 来看，从paired-end reads数据一次性拼接成scaffolds效果最好的是ABySS。但是在使用abyss的过程中没有找到调整线程数的参数，用时较长。

    Velvet拼接出的159个contigs已经很接近公司反馈的最终结果了，后面再用报告中提到的两款软件试试。

肾阵痛是什么原因

腰部力量不够引发“肾痛”

最近，很爱运动的袁小姐有了点麻烦，她发现自己在运动后，脊柱后面靠近腰部的左右两块经常隐隐作痛，有时连睡觉都要在腰下垫个枕头。这个地方是肾脏的位置，不会是自己的肾出了什麼问题吧？

北京宣武医院泌尿科的孙玉成主任介绍，这种症状其实可能是由於长期保持一个姿势造成的腰肌组织痉挛，“肾痛”并不一定都是肾出了问题，所以不必太惊慌。

一般来说，除了输尿管结石会让人感到剧烈的疼痛之外，肾脏的其他疾病发生疼痛的可能性并不很高。有人认为肾部发酸、发胀似的疼痛多半都是由於长时间采取坐姿或是走了很长的路之后，不够强壮的腰部肌肉跟人体提出的“抗议”。如果是肿瘤等恶性疾病反而在初期没有什麼特别的感觉。

对於这样的“肾痛”，最好的治疗方法就是坚持做“小燕飞”的动作：面部向下俯卧在床上，然后在膝盖保持伸直的情况下，将双臂向后背，然后上身向后仰，腿部则往上抬，让身体的两端都离开床，并保持一段时间。孙主任说这样的练习最重要的是坚持，如果能每天做两次，每次保持几分钟的话，两三个月后就会见到效果。

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腰虚肾痛 病证名。《灵枢·经脉》有“足少阴之别，其病虚则腰痛”之记载。《医碥》卷三。阐述此证时认为：“而肾虚之所患尤多。腰肢痿弱，小体疲倦，腰膝酸软，脉或洪细，细皆无力，痛亦悠悠隐隐不甚，是其候也。”参见腰痛、肾虚腰痛条。

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疾病名称： 肾痛

疾病介绍： 肾痛是肾皮质化脓性感染，为葡萄球菌经血运进入肾脏皮质引起，形成脓肿时称为肾皮质脓肿式化脓性肾炎，几个脓肿融合则称为肾痛。

发病机理： 最常见的致病菌为金黄色葡萄球菌，细菌可以由其他部位化脓病灶经血液进入肾脏、例如疖、痛、脓肿、感染伤口、上呼吸道感染、及肾邻近组织感染等。初期病变局限于肾皮质形成多发微小脓肿，继之可集合成多房性脓肿，部分病人可由小脓肿融合成大脓肿，成为肾痛，少数病人到晚期，近皮质肾痛可穿破包膜，发展成为肾周脓肿，近肾盏的脓肿可穿孔向肾盂引流，则尿中可找到细菌。

临床症状： 早期可无症状，原发感染灶可能已愈而被忽视，后期出现肾区痛，突然发病，伴寒战，高烧、食欲不好等菌血症或毒血症表现，患侧肾区痛、压痛、叩压痛，有时因腰痛影响腿部活动不适，可触及肿大的肾脏，腰部肌肉肾张。

诊 断： 有感染灶病史，如上呼吸道感染、疖、脓肿、伤口等。高热，塞战，菌血症的表现、腰痛、腰部压痛、叩击痛、并可摸到肿大的肾脏，辅以尿血检查、B型超声及CT检查可以诊断。

辅助检验： 血白细胞增多，分叶核细胞增多，血液细菌培养可呈阳性；

尿内可有脓细胞，尿培养有细菌生长，尿沉渣涂片染色可找到细菌；

腹部X光平片显示患肾增大，肾影模糊；

静脉尿路造影显示病变区肾盏受压变形；

B超显示出不规则的脓肿轮廓，脓肿为低回声区；

CT肾扫描显示出圆形无血区，CT值介于囊肿和肿瘤之间。

治 疗： 应用足量的抗生素：例如青霉素、羧苄青霉素，先锋霉素，早期常能治疗，确诊之后早期引流，能使全身症状减轻，减少病人消耗，肾痛引流不畅，肾脏破坏严重必要时行肾切除术，并发肾周围脓肿，应行肾周围切开引流，肾痛扩创引流术。

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